NGSのデータクオリティに多大な影響を及ぼす重要なキーポイント作業：サイズセレクション工程を精度よく自動化できます
Yourgene Health社はDNAサイズセレクションおよびDNA回収に関する独自の技術（Ranger テクノロジー）を有しており、その技術を搭載したLightBenchはNGS（次世代シークエンシング）に必要なDNAサンプル調製を行う装置です。従来、個々の装置で行っていたDNAサイズセレクション、DNAフラグメント長解析および定量解析をこの１台で行うことができます。目的DNAを高品質で高精度に回収可能なLightBenchを用いることで、信頼性の高いシークエンスデータの取得を可能にします。
特長
① 3つの機能を1つの装置に集約
NGSの前処理で必要な以下3つの機能を１台で行うことができます。
- サイズセレクション
- DNAフラグメント長解析
- 蛍光定量アッセイ
各機能の装置を個別に購入する必要がなく、費用を削減することができます。
② 高濃度かつ正確なサイズセレクションの実現
サイズセレクションでは、従来必要とされていたゲルからのバンド切り出しが不要になり、溶液の状態かつ高濃度で目的フラグメントを回収することができます。
また、目的フラグメントに対して2種類のマーカー（lower marker, upper marker）を使用し、内蔵カメラによって電気泳動をリアルタイムにモニタリングするため、正確なサイズでの目的フラグメント回収が可能になります。
③ 幅広いサイズのフラグメント回収が可能
サイズセレクションでは、5つのゲル濃度から選択し、100 bp ～ 20 kbp と幅広いサイズのフラグメント回収が可能です。また、ロングリードシーケンス用の低分子除去にも対応しています。
仕様
| サイズセレクション | DNAフラグメント長解析 | 蛍光定量アッセイ | |
|---|---|---|---|
| 解析可能なDNAフラグメントサイズ | 100 bp ～ 20 kbp | 100 bp ～ 20 kbp | ー |
| 解析可能な最大サンプル数／ラン | 12 | 96 | 96 |
| 所要時間 | 1～4時間 （フラグメントの長さにより変動する） | 20～40分 （フラグメントの長さにより変動する） | 約5分 |
| 性能 | 再現性：＞97％、精度：＞95％、回収率：＞70％ | 誤差範囲：5～20％ | 検出下限量：0.2ng、検出誤差範囲：±15％ |
・寸法（幅×奥行×高さ）：32.5 cm x 42.4 cm x 38.1 cm
・重量：20.5 kg
・別途PCが付属
専用消耗品
サイズセレクション
← サイズセレクション用 アガロースゲルカセット（12レーン）
各レーンは独立しているため、サンプル間のコンタミリスクはありません。また、1レーンずつ独立して使用できるため、レーンのロスもありません。
- サイズセレクション用 アガロースゲルカセット
- ICFアレイ（抽出用フィルター）
- ローディングバッファー（サイズマーカー入り）
DNAフラグメント長解析
- フラグメント長解析用 アガロースゲルカセット
- ローディングバッファー（サイズマーカー入り）
蛍光定量アッセイ
- 96 or 384ウェルプレート
- 蛍光色素
- 標準品
アガロースゲル濃度は目的のDNAフラグメントサイズに合わせて選択します。
| アガロース % | 目的のサイズレンジ |
|---|---|
| 3.00% | 100 bp ～ 500 bp |
| 2.00% | 200 bp ～ 2 kbp |
| 1.50% | 300 bp ～ 3 kbp |
| 1.00% | 1 kbp ～10 kbp |
| 0.50% | 3 kbp ～ 10 kbp |
目的のフラグメントサイズを挟むように、マーカーは以下から2種類（lower marker, upper marker）選択します。
100, 200, 250, 300, 500, 750 bp,
1, 1.5, 2, 3, 5, 7, 10 kbp
アプリケーション例
- 非侵襲的出生前スクリーニング研究
- オンコロジー研究
- 微生物クローナリティー評価
- ラージフラグメント解析 など
【ロングリード用】DNAサイズセレクション・フラグメント長解析・定量装置 LightBench Discover
LightBench Discoverは、パルスフィールドインバージョン技術を用いてより大きなDNAを分離し、最大150kbのDNAフラグメント長を2時間以内に解析できます。
参考
PacBioユーザー様向け情報はこちら（PacBioのウェブサイトへ移動します）
