Phenoplex™ Spatial Biology Analysis

イメージング質量サイトメトリー（Standard BioTools Hyperion XTi™）やハイプレックス蛍光パネル（Akoya PhenoCycler-Fusion、PhenoImager または Lunaphore Comet® など）などの新しい染色技術により、空間生物学を使用して腫瘍の微小環境を調べる能力が拡張されるにつれて、データ内の意味のある違いを見つけることが困難になります。

Phenoplexは、Visiopharmの最先端AIを基盤に、インタラクティブな確認・検証ステップを組み込んだ、空間生物学のための完全なワークフローソフトウェアです。プレックスレベルに関係なく、複数組織画像から新たな発見を行ったり、コホート間で比較したり、以前の結果を再現したりすることが可能です。

左からPhenoImager、PhenoCycler-Fusion (Akoya Biosciences)、Comet (Lunaphore)、GeoMx (Nanostring)、Hyperion XTi (Standard BioTools)

新たに、indica labs社HALOのOverlayを読み込めるようになり、解析済みのデータをPhenoplexワークフローでフェノタイピングの妥当性を再検証することもできるようになりました。

Phenoplexは、より少ないマウスクリック数で画像から結果まで、インタラクティブに処理できるようにデザインされた解析環境を提供します。

Visualize
多様な機器で撮影された、高度に多重染色された組織イメージをVisiopharmプラットフォームに統合して表示展開することができます。

Map tissue
組織を形態ごと、関心領域ごとにセグメント化し領域分けします。ディープラーニングAI、マシンラーニングAI、閾値基準などサンプルに合わせた手法を適用できます。

Detect cell
組織内の細胞を核染色などを基準に検出し、単一の細胞ごとに識別します。ディープラーニングでプレトレーニングされたAIが、蛍光染色、イメージングマススペクトルメトリー像からこれまでにない精度の核検出をします。

Phenotype
分子マーカーの発現を基準に細胞を分類（フェノタイピング）します。フェノタイピング結果から共発現マトリクスを作成します。

Verify
画像データとインタラクティブにリンクしたフェノタイプ共発現マトリクスから、細胞のフェノタイピング結果と実際の染色を比較し、分類結果の妥当性を検証します。

Explore
データマトリクスと染色された組織空間をインタラクティブに探索します。tSNEプロット、ヒストグラム、箱ひげ図などの作図が可能です。

Publish
新たな知見を公開します。

Cell Proximity Profiling

個々のTarget cellから一定距離内のNeigbhor cellの数をカウントし、密度を求めます。

Nearest Neighbor Distance

個々のTarget cellから一番近いNeigbhor cellへの距離を計測し、関心領域ごとの平均値、中央値、偏差などを算出します。

t-SNE プロットは、さまざまなデータの可視化、実験結果の探索および検証に使用できます。

・マーカー強度の表示

・陽性細胞表現型の表示

・画像またはコホート変数による t-SNE の分割 (イメージ、患者タイプ、組織領域別、関心領域別などでFacet分割)

各データポイントは画像とリンクされ、選択した細胞をギャラリーに拡大表示します（最大50データポイントまで）。

細胞のフェノタイピング、tSNEプロットの作成には染色強度の他、細胞の大きさ、長さなどの形態情報を加味することができます。線維芽細胞のように形態に特徴がある細胞のフェノタイピングに活用できます。

マーカー染色されていない線維芽細胞においても、形態を基準に細胞をタイピングすることができます。

Visiopharmのホームページ