IsoLightシステムはシングルセルレベルでのセクレトーム・プロテオーム解析を可能にする画期的な装置です。シングルセルを捕捉する専用のチップを使い分けることで、サイトカインやリン酸化タンパク質のマルチプレックスプロファイリングが実施でき、専用のソフトウェアを使用すると簡単にそれらをグラフ化（データビジュアライゼーション）することができます。IsoLightシステムに専用チップと試薬類を全て装着し、ランを実行すると、後は自動的に装置が作業を実行します。手作業による洗浄操作などは必要ありません。

　前処理が終わった細胞懸濁液を専用消耗品IsoCodeチップに注入するだけで、アッセイの準備は完了です。チップ及び試薬パネルキットの種類を変更することで様々な組み合わせのサイトカイン群、もしくは複数のリン酸化タンパク質のプロファイリングが可能になります。

　IsoCodeチップに設計された約12,000個の独立したマイクロチャンバーがシングルセルを捕捉します。捕捉された細胞由来のタンパク質はチャンバー内のバーコード状に固相化された特異的抗体によってそれぞれ捕捉されます。その後、自動的に供給される蛍光ラベルされた各タンパク質に特異的な抗体が結合します。最後にIsoLightシステムがチャンバー毎に蛍光バーコードを検出します。バーコードのバーは補足された特定のタンパク質を表し、バーの蛍光強度が強いほどチャンバー内に存在したタンパク質量が多いことを表します。

　測定データはIsoSpeakによって数値化され、可視化することができます。各サンプル（チップ）に含まれるシングルセル毎の各タンパク質の程度が数値化されます。この情報をもとに様々なグラフが自動的に作成されます。複数種類のタンパク質が検出されたシングルセルのサンプル中における頻度を表すグラフや、IsoPlexis社が提唱するPolyfunctional Strength Index (PSI、多機能性強度指数)を示すグラフなど多彩なグラフが利用可能です。